Nel 1993 scoppiò lo scandalo Sisde, relativo alla gestione di fondi riservati. Partita dalla bancarotta fraudolenta di un'agenzia di viaggi, i cui titolari erano funzionari del servizio segreto del Viminale, un'inchiesta della magistratura fece emergere fondi neri per circa 14 miliardi di lire depositati a favore di altri 5 funzionari. Ci furono l'intervento del Consiglio Superiore della Magistratura, per dissidi tra il magistrato che indagava e il suo procuratore capo, poi l'intervento della commissione parlamentare d'inchiesta sui servizi segreti, presieduta da Ugo Pecchioli, e infine quello del ministro dell'Interno Nicola Mancino: tutti si misero a indagare sull'operato del Sisde mentre a San Marino venivano individuati altri 35 miliardi di uguale sospetta provenienza.
I funzionari fornirono una versione secondo cui l'uso dei fondi riservati sarebbe stato regolare. Ma in ottobre uno degli indagati, Riccardo Malpica, ex direttore del servizio e agli arresti da due giorni, affermò che Mancino e Scalfaro gli avrebbero imposto di mentire; aggiunse inoltre che il Sisde avrebbe versato ai ministri dell'Interno 100 milioni di lire ogni mese.

La sera del 3 novembre 1993 Scalfaro si presentò in televisione, a reti unificate e interrompendo la partita di Coppa Uefa tra il Cagliari e la squadra turca del Trabzonspor, con un messaggio alla nazione nel quale pronunciò l'espressione «Non ci sto» e diede una chiave di lettura dello scandalo come di una rappresaglia nei suoi confronti da parte della classe politica travolta da Tangentopoli. Nei giorni successivi alcuni funzionari del Sisde furono indagati e poi successivamente condannati.

In seguito l'allora ministro della Giustizia Oliviero Diliberto ricordò che la Procura di Roma aveva comunicato, il 3 marzo 1994, che «...nei confronti dell'onorevole Scalfaro non sussiste alcun elemento di fatto dal quale emerga un uso non istituzionale dei fondi». Lo stesso Scalfaro, del resto, nel maggio 1994, durante una visita al santuario di Oropa, aveva ammesso la percezione di tali fondi ma sottolineando: «Sfido chiunque a dimostrare che chi è stato ministro dell'Interno, e non solo io, ha dato una lira fuori dai fini istituzionali».